El club se fundó en primera instancia en 1954 bajo el nombre de Rayo San Andrés.

No obstante, el equipo solo disputó una temporada como conjunto federado.

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Posteriormente, en 2018 y con el objetivo de fomentar el deporte y el fútbol hacía todas aquellas personas que no trabajan y no tienen la oportunidad. Antonio Martínez del Amor, junto a la actual directiva, decidió refundar el equipo, bajo el nombre de San Andrés FC.

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